超纯水器的使用寿命与水质、日常维护有着紧密的联系。水质差、日常不注重清洗维护会加重缩短超纯水器的使用期。在超纯水器的水箱及RO膜表面极易产生菌膜，菌膜会使纯水器的运转出现问题，如造成滤膜阻塞、内压升高、系统漏水、增压泵损坏;菌膜也造成离子交换树脂无法正常工作;菌膜还会阻塞RO膜;定期清洗水箱;及时更换耗材，不管用水量大小，凡是浸泡在水中的耗材都不可避免地形成菌膜，使用中要根据情况及时更换纯水器的耗材，这样才可避免菌膜的产生并使纯水器达到良好状态，保持实验结果在低污染背景下的高一致性。
精密滤芯、活性炭滤芯、反渗透膜、纯化柱都是具有相对寿命的材料，精密滤芯和活性炭滤芯实际上是对反渗透膜的保护，如果它们失效，那么反渗透膜的负荷就加重，寿命减短，如果继续开机的话，那产生的纯水水质就下降，随之就加重了纯化柱的负担，则纯化柱的寿命就会缩短。最终结果是加大了超纯水器的使用成本。
